OpenFold3 预览版上线 Amazon SageMaker JumpStart，可预测生物分子结构

核心事实

据 AWS 机器学习博客 2026 年 11 月 13 日发布的文章，OpenFold3-preview 已可在 Amazon SageMaker JumpStart 中部署。OpenFold3 由 OpenFold Consortium 与哥伦比亚大学 AlQuraishi 实验室开发，是一个开源的全原子生物分子结构预测模型。用户可通过 SageMaker Python SDK 在自有 AWS 账户中创建异步推理端点，输入蛋白质、DNA、RNA 序列以及以 SMILES 表示的小分子配体，输出 mmCIF 格式的预测结构及 pLDDT、PAE、PDE 等置信度指标。文章列出的版本为 OpenFold3 0.4.1（of3-p2-155k 检查点），许可证为 Apache 2.0，支持的实例包括 ml.g6.2xlarge、ml.g6.4xlarge（默认）与 ml.g6.12xlarge。

背景与影响

结构预测任务的计算耗时随链的数量与长度增长，实际蛋白与复合物常需数分钟，超出实时端点单次请求 60 秒的上限，因此该模型在 JumpStart 上采用 SageMaker 异步推理：请求先上传至 Amazon S3，调用后立即返回，端点排队处理，调用超时最长 1 小时，结果或错误信息写入指定 S3 位置，可通过轮询或 Amazon SNS 通知获取。文章称，异步端点可内部排队突发请求，并在队列为空时缩容至零，以减少空闲实例开销。文章列举的用途包括靶点与复合物结构预测、蛋白—配体共折叠、抗体与蛋白工程以及高通量筛选流程；端点支持网络隔离，用户也可自带多序列比对以提升准确性并保护序列隐私。

限制与来源

开发者将 OpenFold3-preview 描述为研究预览版，文章未给出准确性或性能实测数据。SageMaker 端点按实例小时计费，运行期间（含空闲）均计费，具体价格、区域可用性与服务配额请以 AWS 官网当前信息为准。本文信息来自 AWS 博客文章，尚未见独立验证。